Ce qu’on sait sur les origines du Covid

Deux ans après le début de la pandémie, voici ce que l’on sait sur les origines du Covid-19

Les recherches menées jusque-là concernant l’origine de la Covid 19 restent contradictoires chez les scientifiques. Les écologues comme les biologistes ont tous émis des hypothèses différentes.

Les hypothèses se sont multipliées, évoquant aussi bien le passage naturel à l’humain depuis une chauve-souris  avec ou sans hôte intermédiaire (pangolin, civette, vison, chien viverrin, etc.) que l’échappement d’un laboratoire de virologie dans la ville chinoise de Wuhan. Chaque « corporation » y a été de son hypothèse : les scientifiques écologues ont replacé l’émergence du Covid-19 dans le contexte de l’augmentation inquiétante des émergences de nouvelles maladies zoonotiques, causées par les atteintes à l’environnement. Les militants écologistes ont alerté sur le rôle possible des élevages animaux (notamment de visons) comme réacteurs de sélection d’agents infectieux. Quant aux biologistes moléculaires de laboratoire qui utilisent la transgénèse (insertion de gènes au sein de virus) comme outil de travail quotidien pour comprendre la fonction de gènes ou de protéines spécifiques des virus, ils se sont inquiétés du manque de transparence des travaux menés dans les laboratoires de Wuhan en Chine, ville présumée à tort ou à raison lieu d’émergence de la pandémie. Chacun voit donc midi à sa porte, en émettant le souhait (très idéalisé) d’un meilleur comportement dans son domaine sociétal d’intérêt. Cette étude montre que bien que de moindre intérêt, on peut également mentionner le développement de nombreuses publications, passablement complotistes, qui traquent les informations disponibles dans les courriers et documents des différents acteurs du domaine (groupes de recherche, OMS, chercheurs, etc.) ; et pensent y trouver les preuves de méfaits ou d’imprudences expliquant l’émergence de la maladie. Enfin, pour compléter cette liste déjà trop longue, on doit aussi signaler des épisodes de politique internationale incriminant tel ou tel personnage ou institution, à tort ou à raison, mais pour des raisons d’adversité politique.

Le concept central d’« une seule santé »

Depuis des années maintenant, biologistes et médecins ont forgé en recherche scientifique le concept d’« une seule santé » (One Health) : la santé humaine dépend de celle de l’environnement et de celle des autres animaux. Ce concept prend ainsi en compte toutes les hypothèses formulées pour permettre de juger à terme de leur vraisemblance à la lumière des éléments recueillis : agents infectieux inconnus ou émergents (virus, bactéries, protozoaires, etc.) dans leurs animaux réservoirs, rôle des élevages et trafics (qui concentrent et affaiblissent ces animaux réservoirs) ; enfin, rôle des laboratoires de biologie médicale qui devraient étudier cette problématique sans générer de risques supplémentaires.

À ce dernier égard, il est particulièrement ironique de constater que les tenants des fuites de laboratoire de Wuhan mentionnent eux-mêmes la nécessité de juger du rôle des protéines spike des nouveaux variants (Omicron notamment) en les étudiant leur biologie grâce à la transgenèse dans des lentivirus. Les expertises collégiales nationales (FRB) et internationales (IPBES) mentionnent toutes cette exigence absolue d’intégration « une seule santé » pour comprendre et juguler l’émergence de maladies dans le futur ! Les humains ne vivent pas en vase clos et leur santé dépend évidemment de celle de leur environnement : il faut sans cesse le rappeler tant nos attitudes demeurent anthropocentriques et centrées sur les remèdes a posteriori chez les humains plutôt que sur les études intégratives a priori des crises sur les écosystèmes.

À la recherche de nouvelles connaissances cruciales

Chaque étude récente de l’évolution des coronavirus montre que l’on connaisse que des parents proches, mais pas immédiats, du SARS-CoV-2, tous localisés dans l’Asie du Sud-Est où l’origine de la maladie peut donc être vraisemblablement située. À cet égard, l’émergence présumée à Wuhan (province d’Hubei) doit être réinterprétée en regard des détections bien plus précoces de la maladie déjà transmise en plusieurs points du globe, et notamment en Europe (dans cette étude française notamment). Cela signifie que les parents et précurseurs du SARS-CoV-2 ne sont pas encore connus et se trouvent quelque part dans des animaux ou humains de cette région.

La quête de l’origine

Comme tout un chacun le perçoit désormais, les virus évoluent rapidement et ce que l’on appelle « variants » sont le résultat de mutations apparaissant et se transmettant dans des populations colossales de virions. Pour mémoire, un malade infecté héberge de 1 à 100 milliards de virions (nombre total de particules virales). La population mondiale de SARS-CoV-2 compte donc des milliards de milliards de virions, issus d’autant d’épisodes de réplications dans nos corps avec à chaque fois la possibilité d’apparitions et de transmissions de mutations. Mais l’origine de certains virus peut aussi être recherchée dans des évènements de recombinaisons entre virions occupant les mêmes cellules de leur hôte, et générant des mosaïques à partir de virions différents. Si l’on ne connaît pas raisonnablement les virus dans la nature, il est illusoire de penser comprendre un jour leur origine. Il a ainsi fallu quatorze ans pour identifier une localité en Asie d’où était issu le virus du premier SARS qui, bien que moins pandémique, avait tout de même touché au moins 8000 personnes et causé plus de 700 décès dans huit pays différents. Récemment encore, on s’est aperçu que le virus Ebola pouvait resurgir dans des populations humaines à la suite d’une « dormance » chez un individu apparemment « porteur sain ». Et certains biologistes imaginent actuellement que des variants très modifiés (comme Omicron) pourraient apparaître soudainement dans des populations humaines à la suite d’une longue évolution dans le corps de malades immunodéprimés, une hypothèse néanmoins très spéculative…

La biologie de terrain des virus et de leurs réservoirs est donc fondamentale à toute politique de santé publique. Aujourd’hui, de nombreuses équipes recherchent activement les précurseurs du SARS-CoV-2, mais encore sans succès immédiat.